San Nectario nació el 1 de Octubre de 1846 en Selybria, Tracia Oriental, en el seno de una familia pobre, recibiendo el nombre de Anastasios Cefalas.

Por razones económicas, al terminar su educación primaria y el ciclo básico de la secundaria, se mudó a Constantinopla para trabajar y continuar con su educación; tenía la edad de 14 años.

En 1868 se mudó a la isla de Chios, donde enseñó en una escuela durante siete años, y el 1873 entra como novicio al Monasterio de Nea Moní, donde se convirtió en monje a la edad de veintisiete años, tomando el nombre de Lázaro.

Cuatro años después de convertirse en monje, el 15 de Enero de 1877, anivesario de su bautismo, fue ordenado Diácono por el Metropolitano Gregorio de Chios, tomando el nombre de Nectario.

Durante sus años como estudiante en Atenas escribió muchos libros, folletos, y comentarios Bíblicos, graduándose de sus estudios de Teología en 1885 en la Universidad de Alejandría, Egipto. Después de su graduación fue ordenado Sacerdote por el Patriarca Sofronio en la Catedral de San Sabas de Alejandría el 23 de Marzo de 1883, sirviendo a la Iglesia en El Cairo con gran distinción. En la Iglesia de San Nicolás de esta última ciudad, fue elevado a Archimandrita en Agosto del mismo año.

En reconocimiento de su piedad y brillantez como predicador, además de su capacidad administrativa, fue consagrado Obispo/Metropolitano de Pentápolis, Sede Titular Egipcia de la Libia Oriental, por el Patriarca Sofronio de Alejandría y Toda África el 15 de Enero de 1889, en su parroquia, la Iglesia San Nicolás de El Cairo. Participaron también como consagrantes el ex-Metropolitano Antonio de Corfú y el Metropolitano Porfirio de Sineo. Sirvió como Obispo en El Cairo por un año, y fue injustamente destituido de su puesto a causa de las mentiras que fueron inventadas sobre él por clérigos que envidiaban su popularidad con la gente. El anciano Patriarca Sofronio dio por ciertas todas las falsedades sobre San Nectario y le destituyó, rehusándose a escucharle. El Metropolitano Nectario fue finalmente expulsado de Egipto en 1890, sin pruebas ni explicaciones, y nunca se le dio una oportunidad para defenderse.

Después de su destitución, volvió a Grecia en 1891, en medio de fuertes penurias económicas, donde después de muchos esfuerzos fue nombrado predicador en la jurisdicción de Euboia, una gran isla Griega, al norte de Atenas, donde sirvió por dos años y medio. En 1893 fue transferido a parte de la Grecia continental, al oeste de Atenas, donde sirvió como predicador con la misma gran eficacia que tuvo en Euboia.

En 1894 fue nombrado director de la Escuela Eclesiástica Rizarios en Atenas donde su servicio fue ejemplar durante quince años, transformando esta entidad educacional en un verdadero centro cultural, espiritual y litúrgico. En ese tiempo desarrolló muchos cursos de estudio, y escribió numerosos libros, todo mientras predicaba mucho por todo Atenas. Peregrinó a la Santa Montaña de Athos, y trabó amistad con Starets del Santo Monte, además de San Nicolás Planas e intelectuales de su tiempo.

En 1904, a petición de varias monjas, estableció un monasterio para ellas en la isla de Aegina, que recibió el nombre de "Monasterio de la Santísima Trinidad". Este monasterio empezó con tres religiosas, número que se fue incrementando rápidamente.

En Diciembre de 1908, a la edad de 62 años, San Nectario renunció a su cargo de Director de la Escuela Teológica Rizarios y se retiró al Convento de la Santísima Trinidad en Aegina, donde vivió el resto de su vida como un monje. Él escribió, publicó, predicó, y escuchó confesiones de aquellos que vinieron desde cerca y lejos solicitando su perspicacia espiritual y curaba a los enfermos. Mientras estuvo en el monasterio, cuidó los jardines, acarreó piedras, y ayudó con la construcción de los edificios del Monasterio que fueron edificados con sus propios fondos. Sus últimos años no estuvieron excentos de dificultades y pruebas, y de hecho el Monasterio de Égina sólo fue reconocido como tal despúés de su muerte, pero San Nectario sobrellevba todo aquello con absoluta confianza en Dios, y en esos años era característico verlo tallar pequeñas cruces sobre las que escribía "Cruz, parte de mi vida".

San Nectario falleció a las 22:30 PM del 9 de Noviembre de 1920, (el día después de la conmemoración de los Arcángeles San Miguel y San Gabriel), tras su hospitalización por cáncer a la próstata. El primer milagro que se ha reportado tras su muerte sucedió con la curación de un paralítico postrado junto a su cuerpo en el hospital. Su cuerpo fue llevado al Convento de la Santísima Trinidad, donde fue enterrado al pie de un árbol, como era su deseo. El Hieromonje Sabas, quien ofició el funeral, más tarde pintó el primer ícono de San Nectario.

Al funeral de San Nectario asistieron multitudes de personas de todas partes de Grecia y Egipto.

Mucha gente consideró a San Nectario como Santo durante su vida a causa de su pureza de vida, sus virtudes, el carácter de sus publicaciones, además de los milagros que él realizó. Además San Nectario tenía un don único del conocimiento.

Las reliquias de San Nectario habían empezado a emanar una hermosa fragancia poco después de su sepultura, y que se mantuvo por 20 años; las monjas el Monasterio de Égina abrieron su sepultura cinco meses después de su entierro, para construír una nueva tumba de mármol, y encontraron su cuerpo incorrupto, pero después ese milagro ya no se mantuvo. Angustiada la Igumena del monasterio por el hecho de haber quedado sólo los fragantes huesos del Santo, no dejaba de derramar lágrimas junto a las demas monjas. San Nectario la consoló apareciéndosele y diciéndole que si esto había sucedido era para que sus reliquias fueran veneradas en toda la Ecumene, como así ha sucedido, convirtiéndose en muy poco tiempo en uno de los santos modernos más venedados en la Ortodoxia.

Las reliquias fueron nuevamente removidas de su tumba el 2 de Septiembre de 1953, en presencia del Metropolitano Procopio de Hidra, y de una gran multitud compuesta de clérigos, monjas y muchos fieles, emanando de sus restos nuevamente un aroma fragante.Su brazo derecho se veneran en la gran basílca construida en su honor, mientras las demás permqanecen en el monasterio.

El reconocimiento Oficial de Nectario como Santo, por parte del Patriarcado Ecuménico de Constantinopla, es decir, su Glorificación, tuvo lugar el 20 de Abril de 1961. Su oficio litúrgico fue escrito por el Padre Gerásimo, monje del Skete Menor de Santa Ana de Monte Athos.

La fiesta de San Nectario se celebra cada año el 9 de Noviembre (22 de Noviembre según el calendario Juliano).

Han habido más de dos mil milagros atribuidos a la intervención de San Nectario.